AlphaFold سامانهای هوش مصنوعی برای پیشبینی ساختار سهبعدی پروتئینها از روی توالی اسیدهای آمینه است. این پروژه را DeepMind، شرکت هوش مصنوعی که اکنون بخشی از Google DeepMind است، توسعه داد. نخستین نسخه AlphaFold در دسامبر ۲۰۱۸ و در رقابت CASP13 توجه پژوهشگران را جلب کرد. این ابزار برای پاسخ به یکی از مسائل دشوار زیستشناسی ساخته شد: فهمیدن اینکه توالی پروتئین چگونه به ساختار فضایی آن تبدیل میشود.
نسخه AlphaFold 2 در سال ۲۰۲۰ در رقابت CASP14 عملکرد برجستهای داشت و مقاله علمی آن در سال ۲۰۲۱ منتشر شد. پایگاه AlphaFold Protein Structure Database که با همکاری EMBL-EBI ساخته شده، پیشبینیهای ساختاری بسیاری از پروتئینها را در دسترس گذاشت. در مه ۲۰۲۴، Google DeepMind و Isomorphic Labs از AlphaFold 3 رونمایی کردند. این نسخه علاوه بر پروتئینها، میتواند ساختار و برهمکنش آنها با مولکولهایی مانند DNA، RNA و مولکولهای کوچک را پیشبینی کند. AlphaFold 3 از طریق سامانه وب AlphaFold Server نیز در دسترس قرار گرفت.
کار اصلی AlphaFold تولید پیشبینی ساختاری است، نه گفتوگو یا پاسخگویی عمومی. پژوهشگران میتوانند توالی پروتئین را وارد کنند یا ساختارهای موجود را در پایگاه جستوجو کنند و سپس مدل را برای بررسی پرسشهایی درباره شکل پروتئین، جایگاههای احتمالی اتصال یا برهمکنشهای مولکولی به کار ببرند. خروجی آن سرنخی برای طراحی آزمایش است، نه جایگزین اندازهگیری تجربی؛ میزان اطمینان به هر بخش از پیشبینی نیز باید بررسی شود.
AlphaFold از ابزارهای مهم زیستشناسی محاسباتی است، اما همه مسئلههای مربوط به ساختار و رفتار مولکولها را حل نمیکند. در خبری از اکتبر ۲۰۲۶، گزارش شد Isomorphic Labs برای جذب سرمایه با ارزشگذاری احتمالی ۴۰ تا ۵۰ میلیارد دلار در مراحل اولیه مذاکره است؛ این خبر درباره شرکتی فعال در کشف دارو با هوش مصنوعی است و به معنی ارزشگذاری AlphaFold نیست.